Hunat Hatun Medresesi, Kayseri İç Kalesi’nin doğusunda, eski şehri çeviren surların dışında; cami, hamam ve türbe ile birlikte Selçuklu Hükümdarı I. Alaeddin Keykubat'ın karısı ve Sultan I. Giyaseddin Keyhüsrev'in annesi Mahperi Hunat Hatun tarafından M. 1237 yılında inşa ettirilmiştir. Medrese, caminin kuzey tarafında kalmaktadır.
Hunat Hatun Medresesi, 1929 yılından itibaren, Vali Fuad Beyin direktifiyle müze olarak kullanılmaya başlanmıştır. Uzun yıllar Arkeoloji müzesi olarak tarihi eserlerin toplanıp sergilendiği Medrese, 1969 yılında Gültepe'de inşa edilen yeni Arkeoloji Müzesi'nin hizmete girmesinden sonra, Etnografya Müzesi olarak kullanılmaya devam etmiştir. Etnografya Müzesi olarak 1998 yılına kadar kullanılan medrese, müzenin Güpgüpoğlu Konağı’na taşınması sonrasında, Kayseri Valiliği tarafından bakım ve onarımı yapıldıktan sonra Vakıflar Bölge Müdürlüğü’ne devredilmiş ve hediyelik eşya çarşısı olarak hizmete girmiştir. Halen hediyelik eşya çarşısı olarak kullanılmaya devam etmektedir.
Plan itibariyle dıştan dikdörtgen bir çerçeve içine sığdırılmış iki eyvanlı medreselerdendir. Cami gibi medrese de çok itina ile inşa edilmiştir. Muntazam taş dizileri ile kaplanmış olup, tamamıyla sivri çok özenle yapılmış tonozlarla kubbelenmiştir. Taş dizilerindeki diziliş düzeni olukça itinalıdır ve medreseye sadeliğin yanı sıra abidevi bir hava katmaktadır.